Los fines de la COSCE son contribuir al desarrollo científico y tecnológico de nuestro país, actuar como un interlocutor cualificado, tanto de la propia sociedad civil como de sus poderes públicos representativos, así como promover el papel de la ciencia y contribuir a su difusión como un ingrediente necesario de la cultura.
La creación de esta Confederación, representó un indicador inequívoco de la madurez del colectivo de científicos y la expresión de su capacidad de servicio y voluntad de asumir la responsabilidad que le exige la sociedad, sin renunciar al protagonismo colectivo que el futuro, sin duda, reserva a la ciencia.

En septiembre del 2016, se presentó el “Acuerdo de transparencia sobre el uso de animales en experimentación científica en España“, una iniciativa de transparencia en experimentación animal promovida (COSCE) en la colaboración de la Asociación Europea de Animales de Experimentación (EARA). Actualmente están adheridos este acuerdo numerosas instituciones españolas relacionadas con la experimentación animal, entre las que se incluye la Universidad de Córdoba.