La nueva infraestructura tiene una superficie de 356 metros cuadrados e incorpora todo el material y la dotación tecnológica necesarios para desarrollar el estudio, cría, conservación y recuperación de las distintas especies, un proceso que se realiza mediante su cultivo en condiciones controladas. De este modo, el centro dispone de un sistema de reserva y acondicionamiento de agua, sistemas automáticos de emergencia y vigilancia, módulos de cuarentena, reproducción y cría larvaria con control automático de los parámetros físicos, unidad de producción de zooplancton, y otras áreas como zona de máquinas y laboratorio.   

Las especies objeto de estudio y manejo cuentan con distintos niveles de amenaza y entre ellas se encuentran el salinete, fartet, jarabugo, bogardilla y barbos entre otros, así como la anguila. Para la investigación, cría y producción se utilizan individuos capturados en el medio natural, por lo que el centro concede especial importancia al sistema de cuarentena, que impide la introducción de parásitos o patologías que pudieran contaminar el resto de los individuos presentes y que está apoyado por barreras profilácticas para impedir su expansión en caso de aparición de alguno de estos agentes. Aspectos destacados para el funcionamiento del centro son también la temperatura, el pH y la salinidad del agua, al igual que otros parámetros como el nivel de luz, para cuyo mantenimiento en los valores correctos cuenta con avanzados sistemas de control. El profesor encargado de la Dirección Científica del Centro es Carlos Fernández Delgado, catedrático de la Universidad de Córdoba que desarrolla su labor en el Departamento de Zoologia.

Díaz Trillo y Roldán Nogueras han señalado tras la firma del convenio de colaboración que la Consejería de Medio Ambiente y la Universidad de Córdoba tienen el propósito de realizar estudios referentes a la cría en cautividad de especies piscícolas amenazadas al objeto de reforzar poblaciones estresadas o reintroducir especies donde ya hayan desaparecido. En este sentido, ha asegurado que muchas de las especies de peces autóctonas han desaparecido de extensos tramos de los ríos andaluces debido a una serie de causas entre las que destacan la destrucción, fragmentación, degradación y contaminación del hábitat fluvial y la presencia de especies exóticas invasoras.

En este sentido, el centro va a ser una pieza fundamental para el cumplimiento de uno de los grandes retos andaluces en materia de pesca, previsto en el Decreto 396/2010, de 2 de noviembre, por el que se establecen medidas para la recuperación de la anguila europea, aprobado en octubre de 2010, consistente en realizar repoblaciones o traslocaciones hasta un mínimo del 60% en 2013. Las únicas excepciones de capturas de anguila y angula para el ejercicio de la acuicultura que establece el Decreto están sujetas a la cesión de ejemplares a la Administración andaluza, siendo el Centro de Cría y Conservación de Peces Amenazados un destino intermedio de vital importancia previo a la suelta de los ejemplares. Con ello se daría cumplimiento a las medidas de repoblación contempladas en el Reglamento Europeo y en el Plan de Gestión de la Anguila en Andalucía, el cual sienta las bases para la protección y la explotación sostenible de la anguila en el río Guadalquivir.

Además, el consejero ha recordado que, según el Libro Rojo de los Vertebrados de Andalucía, las especies de peces continentales andaluces se encuentran en una fase de regresión importante, con más de un 80% de las mismas incluidas en alguna de las tres máximas categorías de amenaza definidas por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (En Peligro Crítico, En Peligro y Vulnerable). A lo que el responsable de Medio Ambiente ha añadido que la mayoría de las especies piscícolas autóctonas andaluzas presentan un ciclo vida complejo y con algunos estadios desconocidos, por lo que su cría en cautividad requiere del estudio previo de sus pautas biológicas y ecológicas así como de sus estrategias reproductivas tanto en condiciones naturales como artificiales.