El Consejo de Gobierno es el órgano colegiado de gobierno de la Universidad. El Rector, que lo preside, la Secretaria General y el Gerente son  miembros natos del mismo. Además, lo componen cuarenta personas más de la comunidad universitaria: doce designadas por el Rector; doce representantes de decanos/directores de centro, directores de departamento y directores de institutos universitarios; dieciséis representantes del Claustro. Por último, tres representantes del Consejo Social, no pertenecientes a la comunidad universitaria, completan su composición.

Además de ejercer las funciones previstas en la LOU, en los actuales Estatutos y demás normas de aplicación, y velar por el cumplimiento de dicha normativa, este órgano es, en definitiva, el responsable de establecer las líneas estratégicas y programáticas de la Universidad, así como las directrices y procedimientos para su aplicación en los ámbitos de la organización de las enseñanzas, la investigación, los recursos humanos y económicos, y la elaboración de los presupuestos. Para ello es asistido por las siguientes comisiones, contempladas en su Reglamento:

• Comisión de Investigación
• Comisión de Cultura y Proyección Universitaria
• Comisión de Becas y Ayudas al Estudio
• Comisión de Relaciones Internacionales
• Comisión de Cooperación y Solidaridad
• Comisión de Grado y Planes de Estudio
• Comisión de Profesorado y Organización Académica
• Comisión de Docencia
• Comisión de Coordinación de Campus
• Comisión de Asuntos Económicos
• Comisión de Gestión Administrativa
• Comisión de Doctorado
• Comisión de Estudios de Posgrado
• Comisión de Convalidaciones
• Comisión de Formación Permanente

Asimismo, se cuenta con la labor de las Comisiones Asesora de la Calidad, de Publicaciones, de Seguimiento de Experiencias Piloto para la adaptación al EEES, y Electoral.

A lo largo del curso 06/07, se han celebrado doce sesiones de Consejo de Gobierno, diez ordinarias (27 de octubre, 24 de noviembre y 21 de diciembre de 2006; 2 de febrero, 2 de marzo, 28 de marzo, 3 de mayo, 1 de junio, 25 de junio y 19 de julio de 2007)  y dos extraordinarias (27 de octubre y 12 de diciembre de 2006).  Cabe destacar el primer Consejo de Gobierno tras el nombramiento de nuevos Consejeros de 27 de octubre de 2006, en el que se aprobó el nuevo Reglamento de Consejo de Gobierno; la aprobación de la propuesta de Presupuesto de 2007 en la sesión de 12 de diciembre de 2006 para su aprobación por el Consejo Social; la liquidación del Presupuesto de 2006  en la sesión de 25 de junio de 2007 para su aprobación por el Consejo Social.

Ver la composición del Consejo de Gobierno