El uso de un formato u otro es intuitivo. Por regla general, cuando se accede a una base de datos genérica (Genbank, EMBL o DDBJ) se pide que se use la secuencias en el formato propio. Pero la verdad es que los propios servicios o utilidades te indican el formato que debes usar. Solo hay que leer la información contenida en la página.
Mira esta imagen. Corresponde a un servicio en Internet que permite realizar comparaciones de secuencias. Es evidente que se solicita que se usen las secuencias en el formato FASTA.
Así que lo único que deberás hacer será leer y usar el sentido común para saber cuando debes usar un formato u otro de secuencias.
Lo que si debes tener claro es cómo puedes convertir una secuencia de un formato a otro formato distinto.
Y recuerda que es importante: NO son las anotaciones o propiedades de una secuencia las que deben tener un formato determinado. Es la parte que muestra las bases las que debe tener ese formato, mostrando características como espaciamiento, mayúsculas o minúsculas, número de bases, y valores como el checksum, numero de bases totales, etc.