En el caso de las comparaciones de matrices de puntos (Dot matrix analysis)
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Programas
independientes que pueden realizar comparaciones de matrices de datos
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RECOMENDACIONES Y CONSEJOSCuando hagamos comparaciones usando las técnicas de matriz de puntos (dot-plot), será necesario definir una estrategia de comparación basado en la definición de la llamada ventana, que no es más que el número de bases o aminoácidos que deben ser considerados en las comparaciones. Por ejemplo, en las comparaciones con secuencias de ácidos nucleicos podría ser conveniente indicar que se use una ventana de 25 bases,, y que sea considerada una comparación significativa si 12 de esas bases coinciden entre las dos secuencias que se comparan. Las recomendaciones son:
(2) IMPORTANTE: En las comparaciones realizadas con las proteínas se pueden usar varias matrices de comparaciones diferentes (tipos BLOSUM, PAM) que consideran que o bien tiene que existir una identidad total en las secuencias que se comparan, o bien se consideran familias relacionadas de aminoácidos en las que se asume que algunos aminoacidos pueden ser sustituidos por otros sin que la actividad biológica de la proteína se vea alterada. En este documento se discute sobre las diferentes matrices de comparaciones. |