ALINEAMIENTO
DE SECUENCIAS MEDIANTE ALGORITMO DE PROGRAMACIÓN DINÁMICA
- Proporciona el mejor método de alinear
dos secuencias presentando detalles sobre las bases o aminoácidos que
se comparan
- Lo normal. es que los programas de comparación
sólo proporciona la mejor de las alineaciones. Sin embargo, algunos
programas, como LALIGN, proporcionan varias alineaciones al mismo tiempo
que facilitan
(o perjudican) la interpretación de los datos)
- Se pueden realizar tanto alineamientos
globales (algoritmos de Needleman-Wunsch).
- como alineamientos locales (algoritmo
de Smith-Waterman).
- o hay algoritmos que permiten seleccionar
alineamientos globales o locales a voluntad del usuario final (algoritmos
de Huang and Miller)
- En ocasiones, es útil reorganizar una
de las secuencias para compararla con la otra (sequences scramble, o cambios
en el orden de las secuencias considerando ventanas). Eso permite que diferentes
partes de una proteína se organizen de forma distinta, que se creen
modelos de proteínas compeltamente diferente a la original. Tiene sentido
hacer esto si se tiene en cuenta que en la evolución de las proteínas,
se considera que muchas nuevas proteínas aparecen a través del
intercambio de secuencias con exones de una forma mas o menos aleatoria.
Estas secuencias se pueden comparar de forma dinámica con servidores
como el PRSS
Comentarios
- La comparación dinámica
de secuencias puede poner de manifiesto la presencia de similaridades que
puede no ponerse de manifiesto si se hacen comparaciones simples, en la que
siempre se muestra la mejor de las comparaciones.
- En ocasiones, este proceso es
algo más complicado de realizar, porque se requiere trabajar definiendo
el usuario final determinadas variables, algunas de ellas no intutivas..
- Es necesaria una elevada capacidad
de procesaje (ordenadores potentes). Si se ejecutan localmente, en nuestros
propios ordenadores, estos deben ser potentes
- Implica el análisis dinámico
de multitud de posibles alineamientos, con una valoración de su significación
estadística. Este aspecto es importante considerarlo, porque siempre
que se comparen dos secuencias sea cual sea el programa de comparación
que se utilize dará resultados.
- En este alineamiento influyen
dos parámetros fundamentales:
- penalización por creación
de gaps (huecos)
- penalización por la
consideración de identidad o no entre residuos (un aspecto mucho
más relevante en las comparaciones realizadas con proteínas).
Este aspecto se tiene en cuenta en las llamadas matrices de comparaciones.
- En
esta página puede obtener más información de cómo
funcionan estos programas