La Comisión Mixta es el órgano ejecutivo del Centro donde se toman la mayoría de las decisiones que atañen al funcionamiento del Centro. Según el convenio regulador, estará formado de forma paritaria por miembros de la UCO, por una parte, y por miembros de COVAP y la Fundación Ricardo Delgado Vizcaíno por otra, debiendo ser el presidente el Rector o un Vicerrector/a en quien delegue, y el Secretario la persona que ostente la dirección del Centro. Componen la Comisión, por tanto, seis miembros, tres por parte de la UCO y tres por parte de COVAP y la Fundación. Además, forman parte de la Comisión como miembros invitados (con voz pero sin voto) los Decanos/as y Directores/as de aquellos centros de la UCO con mayor vinculación al área Agroalimentaria.
- Lourdes Arce Jiménez. Vicerrectora de Innovación y Transferencia de la UCO (presidenta).
- Alfonso Carbonero Martínez. Director del Centro Universitario de Desarrollo Agroalimentario de Los Pedroches (UCO) (secretario).
- Antonio J. Arenas Casas. Vicerrector de Formación Continua, Empleabilidad y Emprendimiento de la UCO.
- Raquel Santos Alcudia. Directora de la Fundación Ricardo Delgado Vizcaíno y Relaciones Institucionales.
- Juan José Lunar Villarreal. Director de Gestión y Desarrollo de Personas de COVAP.
- José Antonio Rísquez Salas. Director de Innovación y Desarrollo de Negocio de COVAP.
- Manuel Hidalgo Prieto. Decano de la Facultad de Veterinaria de la UCO (miembro invitado).
- Mª del Carmen Campillo García. Directora de la Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y de Montes de la UCO (miembro invitado).
- Mª Paz Aguilar Caballos. Decana de la Facultad de Ciencias de la UCO (miembro invitado).
- Mª Jesús Gil Rubio. Responsable de Atención al Socio de COVAP (miembro invitado).
- Antonio Herruzo Peralbo. Responsable de Formación y Desarrollo de COVAP (miembro invitado).