El área de Protocolo asesora a los diferentes órganos y unidades de la institución sobre el desarrollo y gestión de actos institucionales de toda índole, a la par que garantiza el respeto de las normas de protocolo en el desarrollo de las relaciones entre instituciones.

Durante el curso 2006/07 desde esta área se han gestionado de forma directa la intervención institucional en 420 actos propios o externos, de los cuales el 90% se corresponden con intervenciones del Rector o de miembros del equipo de gobierno. El total de actos a los que asistió la Universidad de Córdoba, representada por su Rector o algún miembro de su equipo de gobierno, fue 537, con el asesoramiento y apoyo del área de Protocolo.