A lo largo del curso 2008/09 se han otorgado, como cada año, los premios extraordinarios de las distintas titulaciones impartidas en la UCO, así como los premios extraordinarios de tesis doctorales por macroáreas. Entregados en el acto por la festividad de Santo Tomás de Aquino, en enero de 2009, en dicha celebración se hizo entrega de las distinciones de Santo Tomás, premios que la Universidad de Córdoba otorga en sus distintas modalidades a personas, organismos, instituciones o empresas ajenas a la institución por su actividad relevante para el conjunto de la sociedad en relación con el desarrollo de la vida universitaria. En esta edición, estos premios recayeron (acuerdo de Consejo de Gobierno de 19 de diciembre de 2008) en:

• El Ayuntamiento de Belmez
• El gerente del Hospital Universitario “Reina Sofía”.
• La Fundación Carolina.

 Durante este curso se concedió, por Resolución Rectoral, la distintición Abderramán II de la Universidad de Córdoba:

• Al Dr. Anatoly Stepanovich Kobets, Rector Magfco. De la Universidad Agraria Dnepropetrovsk, en reconocimiento a la intensa colaboración que ambas instituciones vienen desarrollando desde 1994, que culminaron con la creación de la Fundación España-Ucrania de Proyectos Internacionales.
• A D. Carlos Vega, en reconocimiento al apoyo prestado a la institución Universitaria, en el ámbito de kla cooperación docente intenacional, a través del Programa de Estudios Hiispánicos en Córdoba (PRESHCO).

Asimismo,durante este curso, se procedió a la investidura del Grado de Doctor Honoris Causa al Excmo. Sr. Dr. Manuel Losada Villasante, a propuesta de la Facultad de Medicina, por acuerdo de Consejo de Gobierno de 31 de octubre de 2008, en el acto solemne celebrado el 11 de diciembre de 2008.