Independientemente de la razón por la que una muestra seminal va a ser evaluada debemos controlar una serie de factores que pueden modificar los resultados obtenidos en nuestra valoración. Entre ellos destacamos:

1. Factores externos al análisis:
a) estación del año: en general en épocas de máxima temperatura  la calidad del eyaculado en caballos reduce al disminuir la eficacia espermatogénica
b) edad: para Clement y col. (1991) la fertilidad en caballos comienza a declinar a partir de los 15 años
c) actividad sexual: la calidad seminal mejora cuando la actividad sexual aumenta
d) alimentación: estados carenciales disminuyen la calidad seminal
e) terapia hormonal (progesterona y esteroides anabolizantes ) y no hormonal (corticoides fundamentalmente): debemos procurar no administrar ningún fármaco entre 7 y 10 días antes de la recogida de esperma
f) frecuencia de eyaculación: la sobreutilización de los machos disminuirá la calidad seminal
g) métodos de recogida distintos proporcionan eyaculados de características diferentes
h) tiempo transcurrido entre la recogida y valoración.

2. Factores intrínsecos del análisis:
a) diluyente empleado para la valoración del esperma y temperatura de análisis, recomendándose el uso de temperatura de entre +35º y 38ºC
b) experiencia del técnico sobre todo ante valoraciones subjetivas
c) técnica de valoración empleada para la evaluación de un determinado parámetro espermático, como por ejemplo las diferencias encontradas entre las distintas técnicas de tinción usadas para el estudio morfológico y morfométrico del espermatozoide equino (Hidalgo y col., 2005).