El Consejo Rector del ceiA3 está integrado por los cinco rectores de las Universidades del Campus: el rector de la Universidad de Córdoba y presidente del ceiA3, Manuel Torralbo, el rector de la Universidad de Almería, Carmelo Rodríguez, el rector de la Universidad de Cádiz, Francisco Piniella, la rectora de la Universidad de Huelva, María Antonia Peña y el rector de la Universidad de Jaén, Juan Gómez Ortega.
En virtud de lo establecido en los Estatutos del Consorcio ceiA3, el Consejo Rector del ceiA3 ha aprobado por unanimidad, además, los nombramientos de la Coordinación General del ceiA3 y el resto del equipo de coordinación, a través de un Consejo Rector virtual con voto por correo electrónico. El Consejo Rector del ceiA3 ha aprobado así el nombramiento de la Coordinación General del ceiA3 de Lourdes Arce, vicerrectora de Innovación y Transferencia de la UCO, nombrada coordinadora general del ceiA3.
Respecto al nombramiento del resto del Equipo de Coordinación del ceiA3, el Consejo Rector ha ratificado el nombramiento de noviembre de 2013, revalidado en 2014, de Lola de Toro como directora gerente del ceiA3. Además, este órgano de gobierno ha aprobado el Equipo de Coordinación del ceiA3, formado por Cristina Aguilar, vicerrectora de Posgrado de la UCO, nombrada como coordinadora académica del ceiA3 y Luna Santos, vicerrectora de Internacionalización de la UCO, nombrada coordinadora de Internacionalización del ceiA3.
Cabe destacar que entre las funciones del Consejo Rector del ceiA3 figuran la designación y nombramiento a quienes formen parte de la Comisión Permanente, del Equipo de Coordinación del ceiA3, del Comité Asesor y a la persona titular de la Dirección-Gerencia del ceiA3.
El Campus de Excelencia Internacional en Agroalimentación ceiA3 es el resultado de la integración de las universidades de Córdoba, Almería, Cádiz, Huelva y Jaén, y como centro colaborador, IFAPA. Las universidades integrantes han conseguido que el campus se consolide como el mayor centro de investigación y desarrollo especializado en el ámbito agroalimentario de España y un centro de referencia internacional.